En la JEP, los procesos de quienes no aceptan responsabilidad cuando se les imputa algún delito en un caso, pasan a la Unidad de Investigación y Acusación (UIA), es decir, a la Fiscalía de la JEP. En este punto empieza un juicio adversarial entre la JEP y la persona que no aceptó responsabilidad, donde de ser hallado culpable, puede enfrentar penas de hasta 20 años de prisión.
En este momento, en la Unidad de Investigación y Acusación se encuentran tres casos; el del coronel (r) Publio Hernán Mejía, quien fue comandante del Batallón La Popa con sede en Valledupar, y no aceptó responsabilidad por falsos positivos cometidos en ese Batallón bajo su comandancia, de 2002 a 2003.
También el del coronel (r) Juan Carlos Figueroa, que comandó el Batallón La Popa entre 2004 y 2005, justo después de Mejía, y quien también fue imputado por falsos positivos. Por último, está el primer caso que fue enviado a la UIA, el del excongresista Luis Fernando Almario, quien no reconoció su responsabilidad en el secuestro y asesinato de la familia Turbay Cote, que habría sido cometido por las Farc con ayuda del excongresista, según la JEP.
El director de la UIA, Giovanny Álvarez dice que: "como es un proceso adversarial, estamos a la expectativa de que los sujetos procesales soliciten las prácticas de prueba correspondientes, para efecto de tomar decisiones rápidamente. Yo tengo una expectativa grande, yo quisiera que antes de que finalice este año nosotros podamos tomar decisiones por lo menos en alguno de los casos que nos vayan llegando".
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Sin embargo también aclaró que cada caso debe verse en particular y que finalmente lo que debe hacer la UIA es adelantar las investigaciones en contexto para que se facilite el entendimiento de lo que ocurrió durante el conflicto , es decir, el daño a la víctima y la responsabilidad de los comparecientes.
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