Almario fue investigado por sus vínculos con el Bloque Caquetá de las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá y el Frente Sur Andaquíes del Bloque Central Bolívar entre los años 2001 y 2006.
La carrera política de Almario se habría visto beneficiada por la relación con estos grupos ilegales, cercanía que habría sido confirmada por José Germán Senna Pico, alias “Nico”, y Carlos Fernando Mateus, alias “Paquita”, testigos que advirtieron el apoyo político y electoral a favor del exrepresentante a la Cámara por Caquetá.
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Así mismo, se pudieron constatar reuniones con el comandante paramilitar Carlos Mario Jiménez, alias “Macaco”, sujeto con el cual se pactaron contraprestaciones.
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“Quedó demostrada la asociación para delinquir en la cual incurrió el dirigente político en la promoción de las autodefensas, que se dio de las contraprestaciones pactadas en sus reuniones con integrantes de las mismas y que se tradujeron en la alianza delictiva”, sentenció la Corte Suprema de Justicia.